Alexis Duffaure obtient en 2004 le diplôme de direction de chœur avec félicitations du jury dans la classe d’Éliane Lavail au conservatoire de Bordeaux et le Diplôme Supérieur de Direction d’orchestre à l’École Normale de Musique de Paris dans la classe de Dominique Rouits.
Après avoir dirigé l’orchestre symphonique pendant deux ans, le conservatoire à rayonnement régional de Bordeaux lui confie le Grand Chœur en 2009. Il gagne le prix international de direction de chœur au Florilège Vocal de Tours la même année.
Pendant 7 ans, il est chargé de cours à l’université de musicologie de Bordeaux – Montaigne.
Il possède en outre une licence de musicologie, des prix d’harmonie, de contrepoint et de fugue avec félicitations du jury et deux prix de la SACEM, ainsi que son DEM de percussion au Conservatoire de Bordeaux dans la classe de Jean-Daniel Lecocq.
Il travaille pour l’Opéra National de Bordeaux en tant que directeur artistique dans les projet « Ma voix et toi » et le « Labo de la voix » de 2009 à 2016. Il intervient également comme récitant dans les concerts pédagogiques de l’Orchestre National de Bordeaux Aquitaine. En 2017, il devient chef de chœur assistant auprès Salvatore Caputo.
Il est actuellement Maître de Chapelle de la cathédrale de Bordeaux, directeur artistique de CATHEDRA et dirige également les deux chœurs de la Maîtrise de Bordeaux.
En décembre 2017, l’Académie Nationale des Sciences, Arts et Belles Lettres de Bordeaux lui décerne le prix MUSIQUE pour le travail accompli à Bordeaux en faveur de la musique.
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